윤사순의 연구업적은 ‘유학 자체에 대한 연구’와 ‘한국유학에 대한 연구’ 두 부분으로 이루어졌다. 앞부분(유학 자체의 연구)의 경우, 그는 유학의 미래 지향적 현대화에 해당하는 연구에 심혈을 기울였다. 구체적으로 말해, 전통적인 유학사상들 가운데 특히 현대적 가용성을 지닌 사상들을 탐색하여, 그것을 ‘신실학’이라는 이름으로 재구성하는 작업을 1990년 이래 진행하였다. 그의 이 업적은 오늘날 국내와 중국의 학계 등으로부터 주목받고 있는 것이다. 뒷부분(한국유학 연구)의 경우, ① 그는 (다카하시 도오루) 등 일제의 어용학자들이 한국유학에 대하여 악의적으로 조작해 놓은 ‘식민 유학관의 오류’를 발견, 그것을 극복하는 연구를 한국학계에서 1976년부터 선도하여 크게 성과를 거두었다. ② 그는 한국유학에 대한 인물중심 및 훈고학적 방법의 연구풍토를 지양하고, 한국유학에 내재된 ‘특수한 문제 중심의 연구’ 풍토를 개척하는데 공헌했다. 그 특수한 문제들은 대체로 철학사상의 성격을 띤 것들이어서, 그는 한국유학 특유의 철학과 사상을 국제적으로 주지시키는데 크게 기여해 왔다. 한 예로 2006년 dans les locaux College de France에서 발표한 논문(유학의 배려 철학적 윤리사상)은 그곳으로부터 한국유학에 대한 큰 관심을 갖게 한 계기였다. ③ 그는 1960년대부터 연구해온 한국유학에 대한 연구를 바탕으로 2012년에 한국유학사(-한국유학의 특수성을 중심으로-상,하, 약1200쪽)로 집성하였다.